«Рукопис написаний мною в слідчому ув’язненні». На Соловках
Минуло якихось сім років, відколи «гречне» офіційне запрошення перебратися до радянської України перетворилося на безглузді звинувачення у спробі повалення влади. Радянські карателі запевняли, що Рудницький нібито був «перекинутий для роботи на Україні… увійшов до складу Харківського керівництва УВО». А вже на Соловках йому інкримінували таке: «Прибув на Україну в 1926 році по завданню фашистського центру в Берліні для організації повстання на території СРСР».
Сталінських слідчих насамперед цікавили зв’язки Рудницького в Німеччині. У його контактах із закордонними вченими співробітники ДПУ намагалися розгледіти шпигунську діяльність, проте це не підтвердилося жодним фактом слідства.
Енкавеесівці упродовж кількох місяців змушували Рудницького власноруч писати зізнання проти себе. Під страхом смерті він «визнав», що агітував за соборну Україну в німецьких науково-географічних колах. У справі Рудницького збереглося зізнання, в якому він приречено написав, що його «надзвичайно шкідлива для УРСР і цілого СРСР провина заслуговує найвищої міри соціального захисту».
«Зізнався» академік і в приналежності до Української Військової Організації: «В дійсності це була антирадянська організація. Її пляни були: користаючи з розвитку НЕПу, розкласти Радвладу на Україні й, усунувши її, збудувати самостійну, Українську».
За рішенням НКВС, він був ув’язнений на п'ять років, а вже у жовтні його відправили спецконвоєм у Свірлаг (Біломорсько-Балтійський комбінат), а пізніше – на Соловки.
В’язень ГУЛАГу історик Семен Підгайний у книжці «Українська інтелігенція на Соловках» описав муки вченого-географа: «Рудницький вже не надавався до будь-якої праці. Від самого початку його перебування на Соловках лікарі визнали академіка Рудницького за абсолютно не працездатного. Його записали до інвалідної команди, де він дуже страждав, як і всі інваліди, від поганих харчів і тяжких побутових умов».
Навіть на засланні Рудницький жеврів надією про можливу наукову роботу: «Коли б Радянська влада однак уважала, що я ще можу на що-небудь придатися, прохаю вжити мене до досліду малозаселених просторів СРСР, що лежать у Північній чи Середній Азії», – записано в його кримінальній справі.
У неймовірно важких соловецьких умовах вчений продовжував наукову працю і не залишив її до останніх днів. Упродовж 1933−1935 років написав дві наукові книги на понад півтори тисячі сторінок. Рукопис праці «Геономія» взяли на перегляд в ОДПУ УСРР і не повернули. Вчений звертався з заявами до всіх можливих інстанцій. Відновлювати свої записи уже не було ні часу, ні здоров’я.
Рудницький ніяк не міг примиритися з тим, що остання його праця могла зникнути без будь-якої користі для науки. Тому 10 липня 1936 року він просив: «Щоб НКВС УСРР повернуло мені рукопис “Геономія” (342 с.), написаний мною в слідчому ув’язненні… У кінці прошу Вашого дозволу, щоби я міг відіслати всі наявні в мене наукові рукописи у Вороніж моєму сину, геологу». До сьогодні не вдалося з’ясувати долю цих праць.
Що ж до дітей Рудницького, то їхнє життя склалося по-різному. Донька Емілія все життя провела за межами України (Німеччина, Чехословаччина), де й померла у 1990‑х. Що ж сталося з двома молодшими синами, яких після переїзду до радянської України Степан Рудницький забрав до себе, до сьогодні невідомо. Скоріш за все, вони загинули в ГУЛАГу після арешту та заслання батька.
«Нари з блощицями, важке, аж гірке від махорки повітря, тут же розвішані мокрі онучі, штани, бушлати, валянки, а навколо холод і голод», – у таких пекельних умовах ГУЛАГу проходили останні дні видатного українського географа Степана Рудницького».
У жовтні 1937-го особлива трійка управління НКВС Ленінградської області засудила Рудницького до найвищої міри покарання – розстрілу. Вирок виконали 3 листопада 1937 року в урочищі Сандармох. Лише 1965 року радянська влада реабілітувала Степана Рудницького – «за відсутністю складу злочину». Відтоді почалося поступове повернення до науки й суспільства забутого імені видатного українського вченого світової величини, який стояв біля витоків модерної географічної науки в нашій країні.
Ще задовго до розстрілу Рудницький зрозумів, що припустився фатальної помилки, приїхавши в СРСР. Журналіст львівської газети «Діло» Степан Годований у своїх мемуарах згадував про зустріч з Рудницьким у 1930-му: «Посидів, поговорив, похитав головою і сказав: “Ет дурак я та ідіота. Бити мене треба б. Нащо я туди (до СССР)».